Поселок Яйлю (с алтайского языка переводится как летнее пастбище или летняя стоянка) находится на правом берегу Телецкого озера в долине небольшой речки Чеченек. Поселок основан в 1812 году. Здесь в основном живут работники заповедника и их семьи.

Яйлю — это единственное село в России, которое находится на территории заповедника.

В середине тридцатых годов администрация заповедника пригласила на должность садовода Дмитрия Степановича Рачкина, который имел достаточный опыт по садоводству. До этого он несколько лет жил и работал в городе Козлове у И.В. Мичурина. В 1936 году Рачкина командировали в Мичуринск, откуда он привез саженцы и на верхней террасе над поселком Яйлю заложил сад.

Здесь находятся и несколько эколого-просветительских маршрутов заповедника, эколого-просветительский визит-центр Алтайский аил, дайв станция «Зазеркалье» и Церковь Преображения Господня.